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Le succès et la banalisation du vote électronique soulève de nombreuses inquiétudes chez les défenseurs du vote « papier ». Plusieurs universités ont ainsi utilisé un système de vote électronique pour consulter les étudiants sur le blocage provoqué par la contestation de la loi Pecresse. Ordinateurs-de-Vote.org, avait saisi la CNIL, par la voie de son président Pierre Muller, pour consultation sur ces questions.

« J'attire votre attention sur le fait que ce système a été utilisé dans un cadre qui paraît hors-norme, comportement probablement du à des décisions prises dans l'urgence. Je vous prie de bien vouloir vérifier la compatibilité de ces opérations avec la sauvegarde des libertés fondamentales, et en particulier celles relevant des compétences de votre institution » (voir la lettre).

Le président de la CNIL, Alex Türk, indique en réponse avoir dès à présent alerté tous les présidents d’universités « sur la nécessité de respecter les prescriptions de la loi du 6 janvier 1978 lors de la mise en œuvre de ces dispositifs qui constituent, au sens de la loi, des traitements automatisés de données à caractère personnel ». Suite à la plainte, une instruction a été initiée auprès de la Commission sur ces votes électroniques. Sincérité de la consultation, sécurisation du choix exprimé, respect de l’anonymat, etc. toutes ces questions auraient dû être traitées au fil d’un dossier préalable dûment déposé auprès de la CNIL, ce qui n’a pas été fait.

Pour Pierre Muller, « cet intérêt de la CNIL et la position de son président sont tout à fait encourageants et laissent entrevoir un contrôle plus strict des exigences de confidentialité des données personnelles, à l'heure où les universités renforcent leur autonomie. »

Le débat de la sécurisation de ces systèmes électroniques n’est pas récent puisque dès 2003, la CNIL avait rendu une recommandation sur cette problématique. « Dès l’instant où ces systèmes de vote électronique comportent des données à caractère personnel (nom ou identifiant de l’étudiant par exemple), la CNIL rappelle que ces dispositifs sont soumis à la loi « informatique et libertés ». En particulier, de tels systèmes doivent lui être soumis avant leur mise en œuvre afin qu’elle examine notamment les conditions d’utilisation des données personnelles, la confidentialité du vote, les mesures de sécurité et l’information des personnes » expose la Commission sur son site.